Oui un congé facultatif reste facultatif ! C’est le chef d’établissement, donc votre supérieur hiérarchique, qui décidera si il est accordé ou non. Rien de discriminatoire dans tout cela mais cela se fera en fonction de la situation, de votre profil (enseignant souvent absent ou pas, nombre d’heures de cours, ... : les critères restent objectifs).
Si vos cours sont rattrapés, il est normal d’être payé à défaut, il est normal d’avoir un retrait de salaire.